Αλαλούμ εκτυλίχθηκε τις απογευματινές ώρες με την μεταγωγή Γιωτόπουλου, που κατέληξε με τον ίδιο να διανυκτερεύει εν τέλει στα κρατητήρια της ΓΑΔΑ.
Αρχικά δόθηκε από την εισαγγελία η εντολή για την επιστροφή του Αλέξανδρου Γιωτόπουλου στις Φυλακές, που έγινε με την σχετική δικαστική απόφαση χωρίς όμως να έχει εκδοθεί και το σχετικό φυλακιστήριο, με αποτέλεσμα να μη τον δεχθούν οι Φυλακές Κορυδαλλού
Παρότι δόθηκε η εντολή από την εισαγγελία για την επιστροφή του Αλέξανδρου Γιωτόπουλου στις Φυλακές Κορυδαλλού και οι αστυνομικοί έκαναν χρήση του εγγράφου της δικαστικής απόφασης, εν τέλει οι Φυλακές δεν τον δέχτηκαν καθώς δεν είχε εκδοθεί το απαραίτητο φυλακιστήριο και δεν είχε ολοκληρωθεί η απαραίτητη γραφειοκρατία.
Σύμφωνα με πληροφορίες, ακολούθησαν διαπραγματεύσεις του Εισαγγελέα των Φυλακών με τον Εισαγγελέα Εφετών χωρίς όμως να καταλήξουν με την παραμονή του καταδικασμένου αρχηγού της 17Ν σε αυτές και με τον ίδιο να επιστρέφει στη ΓΑΔΑ για να διανυκτερεύσει εκεί.
Το πρωί πλέον και αφού θα έχει ακολουθηθεί όλη η διαδικασία της εκθέσεως συλλήψεως και της δακτυλοσκόπησης θα οδηγηθεί στον Εισαγγελέα Εκτελέσεως Ποινών στον Πειραιά για να ακολουθηθεί κανονικά η διαδικασία και ύστερα να οδηγηθεί στις Φυλακές Κορυδαλλού.
Υπενθυμίζεται ότι αρχικά επιβιβάστηκε σε ταξί παρουσία αστυνομικών και στη συνέχεια λίγο πιο μακριά πραγματοποιήθηκε η σύλληψή του και επιβιβάστηκε σε υπηρεσιακό όχημα για να συνεχιστεί η μεταγωγή του μέχρι τις Φυλακές Κορυδαλλού.
Στις 17 Ιουλίου 2002 συνελήφθη από την αντιτρομοκρατική υπηρεσία στους Λειψούς. Του αποδόθηκαν κατηγορίες για ηθική αυτουργία σε δολοφονίες, ληστείες και εκρήξεις, καθώς και για συμμετοχή στην οργάνωση 17 Νοέμβρη σύμφωνα με μαρτυρίες συγκατηγορουμένων του και με στοιχεία που βρήκε η αστυνομία σε διαμερίσματα που διατηρούσε η οργάνωση.
Από την πρώτη στιγμή αρνήθηκε όλες τις κατηγορίες, υποστηρίζοντας ότι τον ενέπλεξαν συγκατηγορούμενοί του, προκειμένου να πετύχουν ευνοϊκή μεταχείριση βάσει του τότε νέου αντιτρομοκρατικού νόμου.
Με βούλευμα του Συμβουλίου Εφετών παραπέμφθηκε σε δίκη με την κατηγορία της ηθικής αυτουργίας για όλες τις ενέργειες της οργάνωσης από την ίδρυσή της μέχρι και τον Ιούλιο του 2002, ενώ του αποδόθηκε ο ρόλος του ηγέτη και του καθοδηγητή της οργάνωσης.
Κατά του βουλεύματος άσκησε αίτηση ακύρωσης, η οποία απορρίφθηκε από το ποινικό τμήμα του Αρείου Πάγου.
Πρωτόδικα καταδικάστηκε από το Τριμελές Εφετείο Κακουργημάτων σε 21 φορές ισόβια και 25 χρόνια κάθειρξης, απόφαση που τη χαρακτήρισε υπαγορευμένη από ξένα συμφέροντα.
Μετά την απόφαση του δικαστηρίου, οδηγήθηκε στις φυλακές Κορυδαλλού, όπου ήταν ήδη προφυλακισμένος.
Τον Δεκέμβριο του 2005 ξεκίνησε το δευτεροβάθμιο δικαστήριο στο Πενταμελές Εφετείο Κακουργημάτων. Κατά τη διάρκεια της δίκης αποχώρησε από την ακροαματική διαδικασία, ανακαλώντας την εντολή εκπροσώπησης προς τους δύο δικηγόρους του, Γιάννη Ραχιώτη και Κώστα Χρυσικόπουλο. Το δικαστήριο διόρισε αυτεπάγγελτα τους ίδιους δικηγόρους. Ύστερα από αλλεπάλληλους διορισμούς δικηγόρων, ο Γιωτόπουλος επέστρεψε στην ακροαματική διαδικασία, προκειμένου να καταγραφούν οι απόψεις του ενόψει προσφυγής του στο Ευρωπαϊκό Δικαστήριο, το δικαστήριο όμως αρνήθηκε στον ίδιο να διορίσει δικηγόρο. Εντέλει με την παραίτηση του ενός εκ των τριών διορισμένων δικηγόρων, διόρισε δικηγόρο της επιλογής του με την ταυτόχρονη εικονική παρουσία των άλλων δύο.
Η απόφαση του Πενταμελούς Εφετείου Κακουργημάτων ήταν 17 φορές ισόβια για τα ίδια εγκλήματα.
Μετά την απόφαση του εφετείου, κατέθεσε αίτηση αναίρεσης κατά της δευτεροβάθμιας απόφασης, την οποία όμως δεν έκανε δεκτή ο Άρειος Πάγος. Τον Απρίλιο του 2011 προσέφυγε στο Ευρωπαϊκό Δικαστήριο Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων.
Τον Μάρτιο του 2010 ο Συνήγορος του Πολίτη δικαίωσε τον Γιωτόπουλο μετά την απόρριψη του αιτήματός του από τη διεύθυνση των φυλακών για χρήση υπολογιστή για εκπαιδευτικούς λόγους.