Την καταδίκη του πατέρα Αντώνιου και τεσσάρων συνεργατών του εισηγήθηκε η εισαγγελέας του Τριμελούς Εφετείου Πλημμελημάτων Αθηνών, στη δίκη σε δεύτερο βαθμό για τις καταγγελίες περί σωματικών κακοποιήσεων και τιμωρητικών πρακτικών σε δομές της «Κιβωτού του Κόσμου».
Παράλληλα, πρότεινε την απαλλαγή τους για ορισμένες επιμέρους πράξεις, κυρίως όσες σχετίζονται με τη δομή της Χίου, ενώ για δύο κατηγορούμενους που συνδέονται με τη συγκεκριμένη δομή εισηγήθηκε πλήρη αθώωση.
Κατά την αγόρευσή της, χαρακτήρισε τον πατέρα Αντώνιο ως το κεντρικό πρόσωπο στη λειτουργία της οργάνωσης, επισημαίνοντας ότι είχε τον καθοριστικό ρόλο στη λήψη αποφάσεων. Όπως ανέφερε, αποτελούσε το σημείο αναφοράς της «Κιβωτού», με όλα να τελούν υπό τη γνώση και την έγκρισή του. Για τους συγκατηγορούμενους σημείωσε ότι εργάζονταν στις δομές, ενώ δύο εξ αυτών ήταν πρώην ωφελούμενοι που παρέμειναν ως εργαζόμενοι, αναλαμβάνοντας ευθύνη για ανήλικους φιλοξενούμενους.
Ιδιαίτερη αναφορά έκανε στο περιστατικό παρατεταμένης απομόνωσης ανηλίκου στη δομή του Άνω Βόλου, στον οποίο είχε αποδοθεί κλοπή. Τόνισε ότι επρόκειτο για ακραίο μέτρο που προκάλεσε ψυχική επιβάρυνση στον ανήλικο, επισημαίνοντας ότι στην απόφαση συμμετείχαν η διευθύντρια και παιδαγωγός της δομής, ενώ και ο πατέρας Αντώνιος —κατά την ίδια— είχε γνώση και λόγο. Υπογράμμισε ότι είχε επισκεφθεί τη δομή το επίμαχο διάστημα, απορρίπτοντας τον ισχυρισμό άγνοιας.
Για το συγκεκριμένο περιστατικό πρότεινε την ενοχή του πατέρα Αντωνίου, της διευθύντριας και του παιδαγωγού για βαριά σωματική βλάβη, ενώ για αντίστοιχη κατηγορία που αφορούσε φιλοξενούμενο μεταφερθέντα στη Χίο εισηγήθηκε αθώωση.
Επιπλέον, ζήτησε την καταδίκη των κατηγορουμένων για τον ξυλοδαρμό του ίδιου ανηλίκου, ενώ για έναν από αυτούς πρότεινε ενοχή και για απειλή. Σχετικά με φωτογραφία που κατατέθηκε προκειμένου να αμφισβητηθούν τα τραύματα, υποστήριξε ότι διακρίνονται σημάδια που παραπέμπουν σε χτυπήματα, επισημαίνοντας ότι η λήψη της έγινε από τον φερόμενο ως δράστη και ότι δεν πληροί προϋποθέσεις αξιοπιστίας, ενώ υπάρχει και μάρτυρας που εκτιμά πιθανή επεξεργασία της. Για τη διευθύντρια πρότεινε επίσης ενοχή για έκθεση σε κίνδυνο.
Αναφερόμενη σε περιστατικό ξυλοδαρμού πέντε ανηλίκων στον χώρο του οινοποιείου της δομής, υποστήριξε ότι αποδείχθηκε και ζήτησε την ενοχή των εμπλεκομένων για απλή σωματική βλάβη και, κατά περίπτωση, για απειλή.
Κατά την εισαγγελέα, ο πατέρας Αντώνιος είχε ρόλο ηθικού αυτουργού για όσα συνέβαιναν στη δομή του Βόλου. Εισηγήθηκε την καταδίκη του για ηθική αυτουργία σε σωματική βλάβη σε δύο περιστατικά που αφορούν συνολικά έξι ανήλικους, τονίζοντας ότι τα γεγονότα αποδείχθηκαν και ότι δεν στοιχειοθετείται ο ισχυρισμός περί αυτοτραυματισμού.
Την ίδια στιγμή, πρότεινε απαλλαγές για υποθέσεις που αφορούν τη δομή της Χίου, επισημαίνοντας ότι σε ορισμένες περιπτώσεις δεν προέκυψε βαριά σωματική βλάβη και ότι υπήρξε ψυχολογική υποστήριξη, ενώ για φιλοξενούμενο που εργάστηκε ως μάγειρας ανέφερε ότι συμμετείχε σε δραστηριότητα που τον ευχαριστούσε.
Αντίθετα, εισηγήθηκε την ενοχή του πατέρα Αντωνίου και ακόμη ενός προσώπου για υπόθεση βαριάς σωματικής βλάβης σε βάρος φιλοξενούμενων που μεταφέρθηκαν από την Καλαμάτα στον Κολωνό, καθώς και για περίπτωση τραυματισμένου φιλοξενούμενου που υποχρεωνόταν να εργάζεται.
Όπως σημείωσε, η πράξη είχε διάρκεια και επαναληπτικό χαρακτήρα, καθώς θεωρούνταν ότι έπρεπε να εργάζεται ακόμη και εις βάρος της υγείας του. Παράλληλα, ζήτησε την ενοχή του και για καταναγκαστικές πρακτικές που, σύμφωνα με την πρόταση, επιβάλλονταν σε φιλοξενούμενους στη δομή του Βόλου.